NEGEDIA ATAC-Seq
NEGEDIA ATAC-Seq
Analisi dell’Accessibilità della Cromatina
L’ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) è una tecnica di sequenziamento avanzata che permette di studiare la struttura della cromatina e identificare le regioni di DNA accessibili, cruciali per la regolazione genica. Questa tecnologia consente di comprendere meglio i meccanismi che guidano l’espressione genica e le loro alterazioni in diverse condizioni fisiologiche e patologiche.
Perché scegliere NEGEDIA ATAC-Seq?
PRECISIONE E SENSIBILITA’
L’ATAC-seq è una tecnica estremamente sensibile per l’analisi dell’accessibilità della cromatina, capace di fornire risultati dettagliati anche con un numero ridotto di cellule. Questa caratteristica lo rende ideale per lo studio di campioni limitati o rari.
ADATTABILITA’ A DIVERSI TIPI DI CAMPIONI
Il nostro servizio è progettato per analizzare una vasta gamma di campioni, dalle linee cellulari ai tessuti conservati. Supportiamo anche cellule primarie, inclusi linfociti T e B, e campioni provenienti da biobanche, ampliando le applicazioni della tecnologia ATAC-seq.
ANALISI BIOINFORMATICA COMPLETA
Offriamo un pacchetto di analisi dati avanzato che va oltre la semplice generazione delle sequenze. Il nostro flusso di lavoro include il controllo qualità, il mappaggio al genoma di riferimento, l’identificazione delle regioni di cromatina accessibile e la loro annotazione funzionale. Inoltre, forniamo un report dettagliato con rappresentazioni grafiche intuitive, per facilitare l’interpretazione dei dati e il loro utilizzo nella ricerca.
Il nostro servizio include
Preparazione della libreria
QC della libreria
Sequenziamento
Analisi bioinformatica
35 giorni lavorativi
- Preparazione e QC della libreria
- Sequenziamento con tempi di consegna di 35 giorni lavorativi
- Analisi bioinformatica standard (Demultiplexing, controllo qualità, generazione di file FastQ)
Quantità
2 cryovials con almeno 100.000 cellule per campione
Vitalità Cellulare
90-95% al momento dello scongelamento
Backup
Backup vial consigliata per eventuali problematiche tecniche
Campioni con bassa quantità o qualità
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Principali applicazioni del servizio ATAC-Seq
Identificazione di elementi regolatori
Permette di individuare regioni di cromatina aperta, tra cui promotori, enhancer e siti di legame dei fattori di trascrizione.
Studio degli stati cellulari
Confrontando i profili ATAC-Seq di cellule in condizioni diverse, è possibile identificare elementi regolatori specifici di un tipo cellulare e ottenere informazioni sulla differenziazione cellulare.
Analisi dei meccanismi patologici
Consente di esplorare le alterazioni dell’accessibilità della cromatina associate a malattie complesse come tumori, patologie autoimmuni e disturbi dello sviluppo.
Genomica funzionale
Integrando ATAC-Seq con tecniche come RNA-Seq e ChIP-Seq, è possibile ottenere una visione completa delle reti di regolazione genica e delle interazioni tra cromatina e proteine.
La nostra Pipeline Bioinformatica
Il servizio ATAC-seq di Negedia analizza l’accessibilità della cromatina per identificare regioni regolatorie attive, offrendo un quadro dettagliato della regolazione genica.
Gli step della nostra analisi bioinformatica:
01
Demultiplexing e QC: Separazione campioni e verifica qualità sequenze.
02
Allineamento al Genoma: Mappatura su genomi di riferimento (es. hg38, mm10).
03
Identificazione delle Regioni Aperte: Rilevazione dei siti funzionali con MACS2.
04
Annotazione e Interpretazione: Assegnazione a promotori, enhancer e geni.
05
Integrazione Dati: Possibilità di combinare ATAC-seq con RNA-seq o ChIP-seq.
OUTPUT DEL SERVIZIO
01
Integrazione Dati: Possibilità di combinare ATAC-seq con RNA-seq o ChIP-seq.
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